波士顿大学不但拥有一流的师资、设备，也拥有健全的科系。全校共有十五个学院，包括两百五十个以上不同的科系，为一完整的综合大学。其中，大都会学院为波士顿大学的一大特色，专为社会人士提供在职进修的机会：
文理学院（College of Arts and Sciences）：人类学，考古学，艺术史，天文学，生物，化学，认知和神经系统（研究生项目），古典学，计算机科学，地球科学，经济学，英语，地理，历史，国际关系，数学，现代外语语言和文学，音乐，哲学，物理，政治科学，心理学，地域学，社会学；非洲研究，美国和新英格兰研究，生物信息学，生物化学，环境科学，语言学和应用语言学，妇女研究。
大众传播学院（College of Communication）：广告，广播新闻，电影，大众传播，图片新闻，公共关系，科学新闻，电视学。
教育学院（School of Education）：
本科专业：双语教育，聋语教育，早期儿童教育，初级教育，英语教育，现代外语教育，历史和社会科学教育，数学和历史教育，科学教育等。
硕士专业：双语教育，聋语教育，早期儿童教育，初级教育，英语教育，现代外语教育，历史和社会科学教育，数学和历史教育，科学教育，咨询心理学，课程和教学，发展教育，人类发展和教育，文学和语言，传媒和技术教育，英语和语言教育，健康教育，人力资源教育，国际教育发展，拉丁和古典人类，教学文学硕士，政策、计划和管理，高等教育管理，社区代理教育管理，体育心理学，教授英语为第二语言（TESOL）等。
牙医学院（Gold man School of Graduate Dentistry）：诊断学和病人服务，综合牙科学，牙髓学，健康政策和健康服务研究，分子生物学，上颌骨外科，畸齿矫正学和牙齿整形术，小儿牙科，牙周病和生物学，复原科学/生物物质。
工程学院（College of Engineering）：
本科专业：航天工程，生物医学工程，计算机系统工程，电子工程，制造业工程，机械工程。
硕士专业：航天工程，生物医学工程，计算机系统工程，电子工程，制造业工程，机械工程，综合工程，全球制造，光子学，生物信息学。
博士专业：系统工程，心理和医学双学位。
法学院（School of Law）：健康法，国际法，公司法，公共利益法，诉讼法。
艺术学院（College of Fine Arts）：戏剧，音乐，视觉艺术。
商学院（School of Management）：
本科专业：B.S. in Business Administration（工商管理）；
硕士专业：MS-MBA（技术兼管理双学位），MBA（工商管理硕士），PEMBA（非全日制工商管理硕士），HCM（健康管理），PNP（公共与非盈利管理），IMP（国际管理课程），MSIM（投资管理）；
博士专业：DBA（工商管理博士）。
医学院（School of Medicine）：四年医学博士课程（MD），组合的医学课程（8年/7年文学+医学课程）
大都会学院继续教育（Metropolitan College Continuing Education）。
公共卫生学院（School of Public Health）：生物统计学，环境卫生，流行病学，健康法、生物论理学和人权，卫生服务，国际卫生，女性和小孩健康，社会和行为科学。|
社会工作学院（School of Social Work）：人类在社会环境中的行为，社会工作，社工道德，公共健康。
文理学院（College of Arts and Sciences）：人类学，考古学，艺术史，天文学，生物，化学，认知和神经系统（研究生项目），古典学，计算机科学，地球科学，经济学，英语，地理，历史，国际关系，数学，现代外语语言和文学，音乐，哲学，物理，政治科学，心理学，地域学，社会学；非洲研究，美国和新英格兰研究，生物 [FS:PAGE]信息学，生物化学，环境科学，语言学和应用语言学，妇女研究。
大众传播学院（College of Communication）：广告，广播新闻，电影，大众传播，图片新闻，公共关系，科学新闻，电视学。